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基于微量RNA高通量测序技术的牦牛MII期卵母细胞转录组研究
2015-06-17 16:19     (点击次数:)

兰道亮,熊显荣,林宝山,陈亚冰,胡敏,苏小珊,李键

畜牧兽医学报.2014,45(5):722-732.

摘要:旨在现有高通量测序的基础上,建立一种针对牦牛卵母细胞等微量样本的RNA高通量测序方法,为进一步研究牦牛卵母细胞的转录组学提供基础。以微量MII期牦牛卵母细胞RNA(10ng)作为研究样本,应用SMART cDNA PCR扩增技术对样本进行富集并构建测序文库,再应用改进的RNA高通量测序技术对其进行高通量测序分析。经Illumina-Solexa深度测序后,得到了一个包含47619254条测序序列,4Gb大小数据量的微量MII期牦牛卵母细胞测序文库。质量控制(Quality control,QC)及基本结果分析表明测序文库质量良好。基因组比对分析显示,共有15626个牦牛基因被映射。此外,还获得了7348个新的转录本。GO分类注释结果显示,共有13795个比对上的基因参与了生物过程、细胞组分及分子功能3大主要类别。进一步富集分析显示,分别有333 134及113个GO类别在上述3大类中得到富集。KEGG通路分析结果显示,共有13 496个比对上的基因参与了258条通路,其中101条通路得到有效富集。本研究以牦牛卵母细胞为样本成功建立了一种起始RNA量可低至10ng的微量转录组测序方法。该研究结果为进一步研究牦牛基因组提供了基础,同时也为研究牦牛MII期卵母细胞的分子机理提供了新的视角。

关键词:牦牛;卵母细胞;MII期;转录组;微量;高通量测序

原文链接:http://www.cnki.com.cn/Article/CJFDTOTAL-XMSY201405007.htm

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